Setelah tiga musim yang penuh dengan teka-teki, akhirnya Colter dan Russell berhasil melacak Dr. Serena Jukic (Jeri Ryan), mantan kolega Chrono Stasis ayah mereka. Serena tinggal tersembunyi di Nevada utara bersama pacarnya, Paul (Jerry Trimble). Dan, dari penjelasannya, kebangkitan paranoia ayah mereka itu tampaknya memang ada dasarnya.
Serena mengungkapkan bahwa Ashton, ayah Colter dan Russell, terlibat dalam inisiatif penelitian yang didanai oleh DARPA. Penelitian ini mempelajari tentang augmentasi neural, proyeksi astral, penglihatan jarak jauh, dan sindrom savant, yang fokus untuk mengidentifikasi dan memperkuat kemampuan kognitif luar biasa. Ketika Berkeley menolak pemberian tenure kepada Ashton dan tidak mau mendanai pekerjaannya, pemerintah pun masuk tangan dalam proyek ini, dan sayangnya, segalanya berubah menjadi lebih gelap.
Menurut Serena, program ini mulai melakukan eksperimen pada anak-anak dengan tingkat plastisitas otak yang tinggi — sebuah batas yang diyakini Ashton seharusnya tidak dilanggar. Lalu, terjadi kecelakaan di Alaska di mana seorang subjek uji anak meninggal dalam kondisi misterius. Meski pihak berwenang mengklaim kematian itu tidak ada hubungannya dengan pengujian, Ashton berusaha menutup program tersebut, yang membuat pemerintah berusaha mendiskreditkan dan menyerangnya.
Serena, di sisi lain, memilih untuk tetap berada dalam program itu dan akhirnya terikat dengan salah satu subjek anak: seorang bocah berbakat luar biasa bernama Danny Kellerman. Dia kemudian menemukan bahwa pemerintah telah mengatur kematian Danny dan ayahnya untuk mengalihkan perhatian ibunya — dan selanjutnya, ibunya pun dibunuh — demi mempertahankan kontrol atas Danny.
Ketika Serena akhirnya menyadari kisah mengerikan yang telah berkembang dalam operasi ini, semuanya sudah terlambat. Program ini telah meluas di luar subjek aslinya, menggabungkan anak-anak berbakat dan memaksa mereka menggunakan kemampuan mereka dalam situasi dunia nyata yang berhubungan dengan aplikasi Departemen Pertahanan.
Serena berusaha melindungi Danny, tetapi DARPA menculiknya dan mencabut izin keamanan Serena. Dia mengaku tidak tahu nasib Danny selanjutnya — yang membuat Colter bersumpah akan mencari Danny sendiri bersama Russell.
Russell tentu saja ragu menghadapi operasi yang menghancurkan ayah mereka, terutama tanpa jaminan bahwa Danny masih hidup. Namun, Colter teguh pada pendiriannya bahwa Danny — yang kini sudah dewasa — pantas ditemukan, berargumen bahwa Danny sejatinya adalah korban lain dari program yang ditegakkan Ashton.
Di tengah semua ini, Paul mengungkapkan bahwa dia dan Serena baru-baru ini menjadi sasaran pengawasan dari sebuah van misterius tanpa pelat nomor, yang mengisyaratkan bahwa “Paman Sam” mungkin masih mengawasi mereka. Sementara Colter dan Russell bergegas mencari Danny, Paul dan Serena memilih untuk melarikan diri ke tempat yang lebih terpencil untuk menghindari bahaya.
